Dans ce monde rien n'est éternel. Une série de tragédies dans la famille Habsbourg débuta en 1867 avec l'exécution de Maximilien, le second des "princes salins”, qui imprudemment avait accepté une offre de l’empereur des Français Napoléon III pour devenir empereur du Mexique, mais il ne pût se maintenir sur le trône. Ensuite l'héritier du trône austro-hongrois, le prince héritier Rodolphe, se suicida en janvier 1889. L'Impératrice Elisabeth ne se remit jamais du choc de ce décès; elle se démunit de tous ses joyaux et ne porta plus que du noir le restant de sa vie.

En juillet 1898, Elisabeth passa les deux premières semaines du mois à la Villa Impériale, avant de partir pour visiter sa famille Wittelsbach en Bavière et de faire un tour à Bad Nauheim et en Suisse. François-Joseph se promena avec elle dans le parc pour la dernière fois le jour de son départ, le 15 juillet, tous deux se sentaient en harmonie et d'humeur nostalgique. Leur vie commune s'acheva là où elle avait débuté, il y a 45 ans – à Ischl. Elisabeth fut poignardée à Genève le 10 septembre 1898 par Luigi Lucheni, un anarchiste italien, âgé de 25 ans, pour la seule raison qu'elle fut de sang royal.

Finalement, le 28 juin 1914, l'archiduc François-Ferdinand, le nouvel héritier des trônes austro-hongrois, fut assassiné à Sarajevo, la capitale de Bosnie, par le Serbe Gavrilo Princip. La Villa Impériale fut maintenant le centre du monde pris dans un tourbillon d'activité diplomatique. Après le meurtre du prince héritier et de son épouse, François-Joseph signa l'ultimatum de l'Autriche-Hongrie à la Serbie à son bureau de la Villa Impériale. L'ultimatum fut délivré le 23 juillet. La réponse serbe aux conditions demandées fut insuffisante et deux jours plus tard, François-Joseph arrêta toute relation diplomatique. Alors, le 28 juillet, après avoir été informé que des hostilités serbes étaient entamées contre des navires austro-hongrois sur le Danube, et qu'un incident de tir s'était produit à Temes-Kubin, il signa la déclaration formelle d'état de guerre avec la Serbie. Ce conflit que l'Autriche ne voulut que local, s'aggrava rapidement et aboutit dans la Première Guerre mondiale, lorsque d'autres puissances intervenaient l'une après l'autre. Le dernier acte de monarque de François-Joseph fut la signature, le 28 juillet 1914, du manifeste An meine Völker ("A mes Peuples") à son bureau à la Villa Impériale. Ce manifeste, publié le lendemain, expliqua pourquoi il avait été contraint à déclarer la guerre. Cette année-là, il n'y aurait pas de célébration de son anniversaire. Le 30 juillet, il quitta Ischl, en train spécial pour Vienne, accompagné du nouveau prince héritier, le jeune archiduc Charles. Il ne reverra plus jamais son cher Ischl. L'adieu de François-Joseph à Ischl, en juillet 1914, marqua la fin d'une époque. Il mourut le 21 novembre 1916, après un règne de 68 ans. Deux ans après, c'était la fin de la monarchie habsbourgeoise.

Toutefois la fin de près d'un siècle de patronage impérial ne signifia pas le déclin de la ville, qui à partir de 1906 porta officiellement le nom de 'Bad' Ischl. Aujourd'hui encore, il y a des Habsbourgs à la Villa Impériale. Bien que résidence officielle, la villa ne fut jamais propriété d'état. Elle fut l'héritage de Marie Valerie, la cadette des quatre enfants de François-Joseph. Puisque Marie Valerie épousa son cousin François Salvator, de la lignée des Habsbourg, ducs de Toscane, la Villa Impériale est restée jusqu'à ce jour en possession des Habsbourgs, descendants en ligne directe de François-Joseph et d'Elisabeth. La villa survécut indemne deux guerres mondiales et elle se trouve en majeure partie dans l'état original du temps de l'empire.